神崎瞳（坂本真绫 配音）出生在难能可贵的和平年代，然而，日复一日波澜不惊的生活却让她感到厌倦至极，甚至失去了生活下去的希望。在一场意外中，瞳被传送到了名为盖亚的异世界中，在这里，人们要抵抗的是来自强大黑龙族的破坏和攻击。而唯一能够拯救这个世界的，是名为梵（关智一 配音）的龙族后裔。被传送到这个世界的瞳，见到了曾经在幻觉中出现过的龙之铠甲艾斯嘉科尼中，成为了人们眼中的救世主，背负上了拯救苍生的重任，而她和梵共同对抗的，竟然就是梵的哥哥。在激烈的交战中，瞳渐渐找回了活着的意义，而瞳的出现亦让一心求死的梵产生了活下去的勇气。

突袭世界的大灾难“第二次冲击”后，世界在废墟之上重建。14岁的少年碇真嗣被父亲碇元渡叫到第3新东京市。本以为能见到父亲迎接的他，却见到名为“使徒”的巨大生物与军队交火。危急之下，特务机关NERV的葛成美里将真嗣救下，并将其带往碇元渡所统领的NERV总部。但迎接真嗣的，却是是父亲冷酷地命令：驾驶称为“EVA”的巨大人型机器人与使徒战斗。